Il problema non sta nell' alternatore... il regolatore di tensione limita la corrente erogata, a prescindere dal numero delle batterie collegate, al suo valore massimo...
Il problema è semmai quello di sapere quello che si fa... cioè, se le 2 batterie vengono scaricate per un qualche motivo (per es impianto acceso per molto tempo con auto spenta...) sarà impensabile pretendere che l' alternatore possa ricaricarle al meglio!
Ecco perchè generalmente consiglio ai miei clienti a cui installo 2 o più batterie di dotarsi di un buon alimentatore specifico nel caso si utilizzi spesso l' impianto a motore spento (è il caso di raduni, gare od esposizioni...), o per lo meno di un ottimo caricabatteria digitale a cui collegare l' auto regolarmente per mantenere sempre in forma le batterie.
Mantenere la/e batteria/e ad un livello di carica non perfetto porta alla solfatazione degli elementi con prematura perdita di efficienza della stessa...
Suggerimento: nel caso tu decida di dotare la tua batteria di 2 batterie, installale entrambe nuove contemporaneamente, meglio che siano uguali o per lo meno dello stesso tipo... batterie con diverse "età" o di tipo diverso non permettono ana ricarica ottimale e la batteria meno performante delle 2 costringerà quella "buona" ad invecchiare precocemente